Mangkujiwo 2 melanjutkan kisah sebelumnya mengenai misteri kematian Tjokro Kusumo (Roy Marten) yang misterius. Tjokro Kusumo dan Brotoseno (Sujiwo Tejo) adalah musuh bebuyutan, keduanya saling memperebutkan loji pusaka. Kisah balas dendam Brotoseno (Sujiwo Tejo) berlanjut pada sekuel besutan sutradara Azhar Kinoi Lubis.
Dia ingin membangkitkan Kuntilanak lewat medium pesugihan. Berlatarkan tahun 70-an saat sekte Mangkujiwo mulai menjadi sebuah organisasi besar dengan pengikut yang sangat banyak. Mangkujiwo merupakan sekte yang memelihara kuntilanak sebagai medium pesugihan. Karmila (Karina Suwandi) memiliki maksud lain yang mungkin akan membahayakan sekte.