Film Kuntilanak 3 menceritakan tentang keadaan Dinda yang diasingkan oleh orang-orang di sekitarnya. Hal itu terjadi lantaran kondisi dirinya yang tidak biasa. Dinda memiliki kekuatan yang tidak biasa sehingga dianggap aneh di luar kenormalan manusia. Dinda sebenarnya menyadari adanya kekuatan tersebut. Namun, hati nya sama sekali tidak ingin menjadikan kekuatan ini sebagai alat untuk menyakiti orang lain.
Akhirnya, dia mengupayakan berbagai cara agar bisa mengendalikannya. Dia lalu mencari jawabannya dengan merangkum berbagai informasi melalui internet. Tapi, informasi yang berkaitan dengan kekuatannya sulit ditemukan. Lalu, Dinda memperoleh titik terang setelah menemukan sekolah bernama Mata hati, yang para siswanya memiliki kekuatan seperti dirinya.