Sejak Perang Holy Grail sepuluh tahun lalu, sebuah perang lain terjadi di kota Fuyuki. Shirou Emiya turut ikut berperang demi memenuhi keinginan Kiritsugu sebelum meninggal. Ketika perang dimulai, banyak pembunuhan yang terjadi di kota dan suasana semakin mencekam. Shirou harus melindungi Sakura di rumahnya dan bekerja sama dengan Rin Tohsaka. Tapi pertempuran semakin tak terkendali ketika kekuatan misterius mulai turun tangan.