Bangsal Isolasi mengikuti kisah seorang jurnalis perempuan bernama Weni yang berpura-pura menjadi narapidana. Hal ini dilakukannya untuk mengungkap misteri kematian sang adik, Ratna, di Lapas Ratu Adil. Kasus kematian Ratna semula tampak biasa saja. Namun, setelah dilakukan otopsi, ditemukan suatu hal yang mengganjal dan misterius yang lantas membuat Weni nekat untuk menyelidiki.
Dalam menjalankan misinya, Weni mendapat bantuan dari seorang sipir penjara bernama Adit. Singkat cerita, ia berhasil masuk lapas dan mendapati bahwa kasus kematian serupa tak hanya menimpa adiknya. Di tengah penyelidikannya, Weni pun bertemu dengan tahanan lain bernama Bela yang ditakuti oleh semua narapidana.